2016年度，新能源汽车补贴补充清算金额总计26.45亿元，陕西省、深圳市、浙江省的补充清算新能源汽车补贴分别为1.16亿、25.1亿、1811万。其中，深圳比亚迪、陕西比亚迪分别获得补充清算新能源汽车补贴25.1亿、8692万，占到了2016年补充清算的新能源汽车补贴总金额的98%。
2017年度，新能源汽车补贴补充清算金额总计24.43亿元，陕西省、深圳市、浙江省的补充清算新能源汽车补贴分别为13.71亿、3.32亿、7.4亿。其中，深圳比亚迪和陕西比亚迪分别获得补充清算新能源汽车补贴3.32亿、13.71亿，约占2017年补充清算的新能源汽车补贴总金额的70%。另外，吉利汽车和湖南众泰分别获得新能源补贴2.73亿和4.37亿。
2016年和2017年的新能源汽车补贴，之所以延迟至今补充清算，主要是因为国家在统计新能源汽车补贴时，不仅仅要看销售的数量，还要检测售出新能源汽车的使用情况，以避免滥竽充数的情况发生。比如，非个人使用的新能源汽车需要满足2万公里(原来是3万公里)的行驶里程要求，还有是否接入国检监管平台、是否满足一致性等要求。补贴政策变化之后，前期通过简单改装的新能源汽车来谋取补贴的新能源汽车大幅减少，新能源汽车市场得到了更健康的发展。
