通吕运河水利枢纽工程主要包括通吕运河引水泵站及节制闸，采用闸站结合方案，泵站布置于北侧，节制闸布置于南侧。通吕运河水利枢纽工程防洪设计标准为100年一遇、校核标准为300年一遇，区域除涝标准20年一遇。工程等别为Ⅱ等，规模为大(2)型。工程拟新建单向引水泵站，设计引水流量100立方米/秒，设三台竖井贯流泵机组;节制闸设计排涝流量650立方米/秒，设计引水流量480立方米/秒，设10孔，单孔净宽10米。
工程建成后能有效解决南通市水量供给、水体流动、水质改善等方面的问题，且有利于长远解决全市重大水问题。据悉，该工程将力争于明年5月底完成工程水下部分施工。
