根据当前国情，我国需探索出行之有效的能耗和碳排放控制机制，而用能权和碳排放权交易(以下简称“碳交易”)制度，正是我国正在试点和全面启动的节能减排政策实践。
明确配额指标互认的标准
碳交易与用能权交易市场的衔接是国家相关政策试点和推进中出现的新问题，双市场衔接的主要难点在于以下两个方面。
一方面，政府和企业面临双市场选择的管理成本问题。政府若同时推进两套交易机制的试点，那么更适宜引导何种类型的企业加入哪一类市场?企业在面临两套交易制度时，特别是这两个市场都属于相对新生的事物，历史参照少，如何选择合适的市场加入?抑或可以同时参与两类市场?这些都会增加企业的交易成本和政府的管理成本。
另一方面，双市场配额指标互认的标准问题。作为推动节能减排这一统一目标的政策，市场指标互认和抵扣机制无疑是实现两个市场同时运行的核心机制，但互认的标准如何形成?是允许政府干预还是完全依靠市场形成?在有政府干预的情况下，干预的标准在哪里?如果完全由市场形成，是否会存在“合谋”等风险?此外，尽管目前国内学界对双市场的交互关系进行了一些讨论，但主要集中于对博弈主体、价格水平、政策效果的理论模型研究，缺乏对具体的配额分配抵扣、交易平台连接、履约惩戒机制方面的设计，导致学界的研究尚难以直接指导实际交易市场的运行。
有效扩大政策覆盖面
从控制目标、参与对象、操作手段方面看，碳交易与用能权交易之间存在天然的关联性。碳交易会促使参与者提高能效和改用低碳能源，而用能权交易对能耗的控制也自然实现了对碳排放量的削减。从操作层面看，用能权交易设计中，各部门能耗历史数据相对齐备、统计技术完善;而碳交易的标的物是更为虚拟化的商品，尚缺乏连续性、权威公认的统计数据，同时不同核算方法和核算范围的结果也会有所出入。从这一层次上考虑，用能权交易的操作性优于碳交易。但在实际的政策推进层面，我国碳交易市场无论是经验积累、市场成熟度还是政府推广力度和参与热度上，都远远超过了用能权交易，未来用能权交易可能仅作为碳交易市场的补充政策出现。而针对这两个市场已经在全国同步铺开和试点推广的前景，为避免出现政策实施中的重复和冲突，要尽快设计与这两个市场相配套的衔接机制。
除协调不同政策推进的需求外，碳交易与用能权交易市场间也确有政策效力间的互补价值。其一，这两个市场的影响对象不完全重叠，碳交易主要影响供给侧，而用能权交易对供给侧和需求侧均有影响。纳入用能权交易的电力供应商和分销商常会自发对其消费群体提供节能服务，双市场衔接可以有效扩大政策覆盖面。其二，交易对象对两个市场的反应机制不同。碳交易促使企业更多采用新能源和低碳能源，而在用能权交易中，企业更倾向于采用节能技术改造措施，规避了新能源建设中可能带来的更大成本与风险。其三，两类交易制度的市场响应有所差异。欧洲国家的实践表明，碳交易对批发电力价格会产生正向影响，并可能促使对可再生能源投资的增加，而白色证书(节能量交易的一种形式)机制对这两个因素的影响则正好相反，双市场衔接或可作为市场冲击的缓冲剂。
以碳交易为主 灵活纳入用能权交易
从当前的政策推动进展分析，未来可探索建立以碳交易市场为主，灵活纳入用能权交易的双市场衔接的交易体系。
一是确保用能权交易认证指标与碳排放减排指标相对独立。由于节能、减排的效果往往同时出现，一家企业如果被同时纳入两种交易体系，就很容易出现重复计算的问题，从而出现有失公平的情况。因此在全国全面推进碳交易市场的前提下，可仅对尚未全面纳入碳交易的行业或企事业单位开展用能权交易登记。负有节能和减排责任的企业可自行选择纳入某一种交易体系，若未来市场对接通畅，企业也可申请改变其参与交易的市场类型。
二是建设两类交易市场的通用平台。目前我国经过5年试点，碳排放交易市场已经相对完善，考虑到用能权交易更多地作为碳排放交易的补充机制，建议充分利用既有平台、相关机构和交易系统，将用能权交易纳入碳交易平台，减少平台建设的投资和管理成本。
三是合理设计两个市场的指标互认和抵扣机制。通过科学的指标核算方法，在用能权交易的能耗指标和碳排放交易中的碳减排指标间设立转化系数，使两者之间可以相互转化，也互相抵扣参与交易对象的节能指标或减排指标;难以自行完成相关节能、减排任务的企业，可根据市场供需情况自主选择抵扣指标的搭配方式。若考虑以碳排放为主推进环境资源产权市场建设，亦可对用能权交易抵扣的碳排放量设置一定限额，如根据相关测算，上海市在2020年前通过节能量交易产生的指标占碳交易权的2%—6%，并建议按此设计抵扣限值比例。此外，也可以通过前期对参与单位的限制达到主辅双市场的平衡。
