根据所用的电解质，燃料电池一般被分为如下5类

根据所用的电解质，燃料电池一般被分为如下5类:
 
（1）质子交换膜燃料电池（proton exchange membrane fuel cell PEMFC）:该类燃料电池使用能够传导氢离子（H+）（即质子的高分子聚合物做为电解质，最常用的电解质是全氟化的磺酸质子交换膜，其中的磺酸根（-SO3H）是传导离子的集团，被传导的离子是质子。
 
（2）碱性燃料电池（alkaline fuel cell，AC）:该类燃料电池使用能够传导氢氧根离子（OH）的液体或固体物质做为电解质。早期的电解质为KOH水溶液，但由于空气中的CO2会和KOH反应生成溶解度比较低的碳酸盐，逐渐堵塞电极中的微孔并降低OH的浓度，不适合在地球上使用，只能用于外层空间。为了克服这一缺陷，自2000年左右起，人们开始开发能够传导氢氧根的高分子聚合物，但目前离商业化的要求还有距离。
 
（3）磷酸燃料电池（phosphoric acid fuel cell，AFC）:该类燃料电池使用磷酸做为电解质，被传导的离子是氢离子（H）液态磷酸通过毛细作用被吸附在固态的基体如多孔碳化硅中。自20世纪9年代，人们开始尝试使用高分子聚合物如聚苯并咪唑（polybenzimidazole）做为承载磷酸的基体。
 
（4）熔融盐燃料电池（molten carbonate fuel cell，MCFC）:该类燃料电池使用能够传导碳酸根离子（CO32）的熔融L2CO3+K2CO3或Li2CO3+na2CO3做为电解质，电解质吸附在多孔的固态 LiA1022基体中。
 
（5）固体氧化物燃料电池（solid oxide fuel cell，SOFC）:该类燃料电池使用能够传导氧离子（02）的高温固态陶瓷材料做为电解质，最常用的是掺杂有少量三氧化二钇的二氧化锆（YSZ）
如果按照运行温度来分，质子交换膜燃料电池是低温燃料电池（<100℃），碱性燃料电池既可是低温（<100℃））也可是中温（100~250℃）燃料电池，磷酸燃料电池是中温燃料电池（~200℃），熔融盐燃料电池（~650℃）和固体氧化物燃料电池是高温燃料电池（700~1000℃）