《指导意见》提出我国未来生物质能的三个阶段的发展目标：
第一阶段是起步发展阶段。 到2020年初步建立产业体系，政策体系基本形成。生物天然气年产量超过20亿立方米，年替代县域及农村散煤约340万吨，年减排二氧化碳约620万吨。年处理农作物秸秆超过1000万吨、畜禽养殖废弃物超过2500万吨，其他城乡有机废弃物超过500万吨。
第二阶段是快速发展阶段。 到2025年，生物天然气具备一定规模，形成绿色低碳清洁可再生燃气新兴产业。生物天然气年产量超过150亿立方米，年替代县域及农村散煤约2500万吨，年减排二氧化碳约4600万吨。年处理农作物秸秆超过7500万吨、畜禽养殖废弃物超过1.8亿吨、其他城乡有机废弃物超过3000万吨。
第三阶段是稳步发展阶段。 到2030年，规模位居世界前列，生物天然气年产量超过300亿立方米，占国内天然气产量一定比重。年替代县域及农村散煤超过5000万吨，年减排二氧化碳超过9300万吨。年处理农作物秸秆超过1.5亿吨、畜禽养殖废弃物超过3.5亿吨、其他城乡有机废弃物超过4000万吨。
