按照工程建设计划，蓄水分两个阶段进行。第一阶段计划用10至15天的时间，将上游库区蓄至44米高程，满足船闸通航和首台机组发电两大关键节点目标需求;第二阶段计划到5月中旬前蓄至52米高程，库容16.1亿立方米，相当于110多个西湖水量，将有效提升粤港澳大湾区水安全保障能力，西江亿吨黄金水道初步形成。
工程一期蓄水期间，将在确保西江下游供水、生态和航运需求的前提下，逐步抬高水位，争取早日恢复通航，使黔江通航等级将由当前300吨级提升至我国内河航运最高等级3000吨级规模，年运输能力将由1300万吨提升至5200万吨。
左岸3台机组全部发电，还可改善桂中旱片灌溉用水条件，提升粤港澳大湾区水安全保障能力。
大藤峡水利枢纽工程肩负防洪、航运、发电、补水压咸、灌溉等重任，工程总投资357.36亿元，于2014年11月开工。
