2月28日乌克兰危机爆发后，壳牌公司强硬宣布退出包括“萨哈林2号”在内的一切在俄业务，日本考虑到能源供给现实，表示不会退出该项目。6月30日，俄罗斯总统普京签署总统令，要求将“萨哈林2号”项目移交给俄罗斯企业运营。日本上下一度非常紧张，担心来自该项目的天然气供应被掐断。
对于身陷电力不足、电费暴涨困境的日本来说，如果“萨哈林2号”被断气，后果很严重。“萨哈林2号”是日本进口俄罗斯天然气的最主要来源。日本以长期合同采购的俄天然气被用于东京电力公司等电力巨头的火力发电。广岛燃气公司每年采购的天然气中约一半来自俄罗斯。在全球能源价格暴涨、天然气供应极不稳定的背景下，如果失去“萨哈林2号”的长期合同，而在现货市场采购，价格暴涨的不利影响将加剧，同时国内需求能否得到保证也面临不确定性。为了维持稳定的天然气进口，日本政府“特事特办”，积极支持三井物产与三菱商事与俄方展开谈判，争取在新成立的“萨哈林2号”运营公司内保持之前参股份额及长期供应等权益。
此前，“萨哈林2号”项目由俄罗斯天然气工业股份公司、壳牌公司、三井物产和三菱商事组成的合资公司共同运营，日本两家公司占股比例虽然不是最高，但该项目年产天然气的约60%向日本出口。根据最新消息，三井物产与三菱商事获准继续出资新的运营公司，出资比率维持12.5%和10%不变。此外，有消息说，目前东京电力与中部电力联合出资的日本JERA公司、东京燃气公司、广岛燃气公司均已与“萨哈林2号”新运营商签署了长期采购协议。
有报道称，民间公司要想继续投资“萨哈林2号”可能会面临阻力。日本政府虽要求民间公司继续维持在该项目中的权益，却没有对企业未来有可能面临的风险给出承诺。在三菱商事的投资表决会上，董事会成员曾展开激辩，提出各种质疑：如果公司应日本政府请求继续参与该项目投资、而之后政府态度变卦反转，该如何向股东解释、造成的损失是否会获得政府的弥补?
有专家分析称，现在说“萨哈林2号”更换运营商不会影响日本天然气供给稳定还言之过早。由于壳牌再次确认退出，三井物产与三菱商事在新运营公司的发言权相对下降。获准继续投资、维持原有出资比例只是一个开始，接下来的谈判如何进展仍存在不确定性。2007年“萨哈林2号”项目已经发生过一次大规模股权结构变更，三井物产与三菱商事的持股比例被削去一半，未来该项目仍面临不确定性，对于能源严重依赖进口的日本来说，警报并未完全解除。
