1.建立核查机构进入退出机制，提升核查业务能力。完善碳排放第三方核查机构准入机制，按照公开征集、机构自愿申请、专家审核、相关管理部门审定的程序进行资质审定;综合评估核查机构信用等级、硬件资质及发展潜力，探索对碳排放第三方核查机构的分级管理，提高核查机构市场区分度;在建立准入机制的同时引入退出机制，将有不良记录的核查机构排除在外，规范市场秩序。
2.完善碳核查行业标准，夯实碳排放监测核算基础。完善和出台《全国碳排放权交易的第三方核查指南》，进一步规范碳核查机构的工作流程。科学划分组织边界，合理设置碳配额;给出因企业改制合并、产量变化等原因导致计算参数调整的处理办法;完善指南所包含的行业与工艺类型及对各种核查项目作出详细规定，统一核查标准。统一统计口径和方法，按照自然月形成一套独立对口国家发展改革委、经信委、统计局等政府能源消耗统计报表，并可溯源至原始能源计量记录的数据体系。
3.统一核查和复查费用，保障核查独立性和公平性。为确保核查机构的独立性和准确性，建议全国碳排放核查和复查费用由中央财政安排专项资金予以解决。制定明确的政府采购或招标取费标准，公开采购和招标过程，不设置任何倾向性投标要求，赋予每个机构公平参与竞争的机会，确保遴选出资质得当、业务能力突出的核查单位。建立核查费用审查体系，在保障核查质量前提下，不断提高核查费用的效率，以此挤压权力的寻租空间。
4.组建碳核查行业协会，统筹完善核查监管体系。加快组建碳核查行业协会，搭建核查机构间交流平台，促进在核查内容、核查模板、关键参数选取等方面达成共识，组织机构间技术和经验分享，及时沟通核查中的问题。从国家整体和长期利益出发，统筹兼顾不同地区的需要，建立健全全国碳交易市场核查的配套监管体系，规范碳核查工作流程。统筹管理相关信息、数据，条件允许时建立统一的系统进行管理。
5.加强碳排放监管立法，建立健全政策保障体系。加快建立和完善以《碳排放权交易管理条例》为核心的法律法规体系，依法强化监督管理，规范碳核查监管中政府部门、第三方核查机构及企业的行为。从七个碳排放权交易试点地区向外扩展，建立区域间的碳交易立法，进而实现区域法向全国性上位法的跃迁。同时，不断完善碳排放总量确定、配额分配、第三方核查方法及评价指标体系，实现碳减排的标准化、科学化，弥补法律体系中技术体系的缺陷。
