1、缺乏战略性
尽管薪酬及薪酬管理对于员工及企业都有重大的影响，但薪酬管理的根本目的是帮助企业实现其经营和管理目标，要做到从战略的角度适合企业战略的需要。企业在 每个发展的不同阶段，都需要不同的薪酬管理。因此，在进行具体的薪酬设计之前，就必须要考虑如何使薪酬战略有效地融入企业的整体战略。
很多中小企业没有从企业总体战略的角度出发来设计薪酬管理体系，而是就薪酬论薪酬，把薪酬看做是一种目的，没有关注什么样的薪酬最有利于实现企业战略、能够最大限度地发挥员工的主动性和积极性。
2、未深入薪酬调查
一个企业所支付的薪酬水平高低无疑会直接影响到企业在劳动市场上获取劳动力的能力强弱。薪酬调查是了解市场通行工资水平的手段，它能解决企业薪酬对外竞争性和对内公平性的问题。通过薪酬市场调查，可以了解市场薪酬水平，检查、分析本企业各岗位薪酬水平，从而检查、分析企业各岗位薪酬水平的合理性，以保持企 业薪酬分配的对外竞争力。通过企业员工薪酬满意度的调查，可以了解员工对企业薪酬管理的评价以及期望，了解员工对薪酬分配公平性的看法，了解员工是否认为企业做到了对外公平，员工的薪酬是否与市场大体相当，还看是否与其工作价值大体相当，是否与个人价值，与个人、所在小组或部门的业绩大体相当。
很多中小企业只是粗略地考察市场总体薪酬水平。经营者对员工的薪酬水平依据个人的主观判断，经常随意变动，甚至不按事先确定的薪酬水平发放，大大挫伤了员工的工作积极性。在对外招聘时的竞争力也会大打折扣。
3、与工作绩效的关联度太小
薪酬制度要有效发挥其激励作用有一个前提，那就是建立在公平基础上。公平理论认为“公平感是员工是否对奖励感到满意的一个中介因素，只有当人们认为奖励是公平的，才会产生满意，激发动机”。薪酬与绩效挂钩是有效薪酬制度的一条基本原则，好的薪酬方案一定是公平的。
有些中小企业制定了绩效考核制度，但形同虚设，在考核绩效时根本就不按照制度来执行，掺入很多主观因素进去。导致薪酬管理的内部公平性遭到破坏，使员工极为不满意，没有达到激励员工的创造性，反而降低了对工作的热情。
4、透明度过低
保密薪酬制可以避免员工之间在薪酬上的互相攀比，减少因分配不均产生的矛盾，有利于维护管理的权威性。但保密薪酬制模糊了收入与绩效的联系。公平理论告诉 我们，激励不仅受到绝对公平的影响，还受到相对公平的影响。人们倾向于高估同事和下属的工资而低估上司的工资，所以实际的工资差距被缩小了，削弱了激励效果。
很多中小企业都采取保密制薪酬管理。这种薪酬制度容易引起员工之间、员工对管理者的猜疑，会减低员工对薪酬的公平感和满意度，会使员工产生不信任感赫尔身处局外的感觉。从而影响了企业与员工以及员工与员工之间的信任感，破坏了员工对企业的那种归属感。
